Das Pastoralbüro ist die zentrale Organisations- und Büroeinheit der Kirchengemeinde. Anders als in den acht Pfarrbüros gibt es hier keine Öffnungszeiten. Die drei Sekretärinnen sind in erster Linie Anlaufstelle für das Pastoralteam und die ehren- und hauptamtlichen Mitarbeiter*innen.
Im Pastoralbüro werden übergeordnete Büroarbeiten bearbeitet, die die gesamte Kirchengemeinde St. Thomas Morus betreffen:

• Koordination der Sitzungstermine der gemeindeeigenen Gremien und der Veranstaltungen der einzelnen Gemeinden,
• Bearbeitung der Verwaltungsarbeiten, die Hochzeiten, Beerdigungen, Erwachsenentaufen, Wiederaufnahmen und Konversionen betreffen,
• Erstellung und Druck der Pfarrnachrichten und Aushänge,
• Führung der Kirchenbücher.

Bei Bedarf übernehmen die Kolleginnen auch einzelne Aufgaben der Pfarrbüros und bewältigen die vielen unvorhergesehenen Angelegenheiten der Pfarrgemeinde.